但是原子印章比较容易变形，作为需要备案的印章，必须预留印鉴，一旦印章变形，与预留的印章对不上，银行将不给予办理业务，因此银行系统很少使用此类印章，其它公章类需要备案的印章也不建议使用此类印章，有些办理公章备案的公安机关也明文规定不能使用此类印章作为公章材料。原子印章由印章面和印章柄两部分构成。印章柄是由手柄、活动内芯、弹簧、外框组成，印章面利用海绵体特殊材料带有微孔结构制成的，加印油后，印油常浸润在印章柄内芯位置。原子印章印章面略低于印章的外框。印章面的印模材料质地都非常柔软，弹性较大，因为印章面柔软的材料而导致不耐磨，但是可塑性强，印章面碰到什么硬物略微用力于其印面就可导致其印面变形，所以顾客使用原子印章的时候要小心印章面不要碰到硬物。印章表面由于渗油的原因，印章表面类似于泡沫，这类软面印章就比较易发生磨损变化，但并不易发生磕碰。在印章使用一段时间之后，它们的文字线条与图形形状就会逐渐变粗，文字与图形的边角逐渐变钝，但像文字线条凹陷、缺损这样的磕碰特征却很少见。